José Gregorio Hernández Cisneros nació el 26 de octubre de 1864 en Isnotú, una localidad que por aquel entonces era capital del Municipio Libertad del Distrito Betijoque del Estado Trujillo en Venezuela. Fue el primero de seis hermanos, hijo de Benigno María Hernández Manzaneda y Josefa Antonia Cisneros Mansilla. De sus hermanos, en mayo de 1863, nació María Isolina, quien falleció a los 7 meses, seguida de José Gregorio; luego, nació María Isolina del Carmen, en mayo de 1866. En septiembre de 1867, nació María Sofía, seguida por César Benigno, en agosto de 1869. En septiembre de 1870 nació José Benjamín Benigno, y finalmente su hermana, Josefa Antonia nació en agosto de 1872.
Por línea materna, descendía del cardenal Francisco Jiménez de Cisneros, quien fuera confesor de Isabel la Católica, fundador de la Universidad de Alcalá; y por vía paterna, a través de la rama de un tío bisabuelo, se emparentaba con el Santo Hermano Miguel, quien era educador y escritor, miembro de la Academia Ecuatoriana de la Lengua, y correspondiente de la Real Academia Española.
Durante su infancia vivió en su pueblo natal, su madre se dedicaba a labores del hogar propias de la época y su padre era comerciante y dueño de un almacén de mercancías secas, víveres y farmacia. Recibió el sacramento del Bautismo el 30 de enero de 1865 en el Templo Colonial de Escuque, hoy llamado Iglesia Parroquial del Niño Jesús de Escuque. Sus padrinos fueron Tomás Lobo y Perpetua Enríquez. El sacramento de la Confirmación se efectuó el 6 de diciembre de 1867 en la iglesia de San Juan Bautista de Betijoque, por el señor Juan Bonet, Obispo de Mérida.
Su madre falleció en 1872 cuando él contaba con ocho años de edad. Su primer maestro fue Pedro Celestino Sánchez, representante de una escuela privada en Isnotú. Durante sus años de estudios envió una recomendación al padre del pequeño José Gregorio para que lo encomendara a estudiar a la capital del país.
A los trece años de edad, José Gregorio manifestó a su padre su deseo de estudiar la carrera de derecho. Sin embargo, su padre le convenció para que estudiara medicina. A partir de ese momento, tomó la medicina como su propia vocación. En 1878, cuando contaba con trece años y medio, bajó de la sierra trujillana hasta Caracas, siguiendo una travesía: Isnotú, Betijoque, Sabana de Mendoza, Santa Apolonia y La Ceiba en mula; por el lago hasta Maracaibo, y después por mar a Curazao, Puerto Cabello y La Guaira, y por tren, desde este puerto a la ciudad capital.
En 1949, la Iglesia católica comenzó el proceso de canonización para declararlo santo. En 1986, el papa Juan Pablo II reconoció sus virtudes heroicas y lo declaró «venerable». El proceso se renovó el 18 de enero de 2021, luego de un milagro atribuido por la Iglesia católica a Hernández en San Fernando de Apure, en el que una niña se habría recuperado de una herida de bala gracias a su intercesión.
El papa Francisco autorizó la misa de beatificación de José Gregorio Hernández, realizada el 30 de abril de 2021, siendo asignada su celebración litúrgica el día 26 de octubre.
